VI-SEEM NAT-GR LS: Biomolecular modelling training on National HPC Infrastructure ARIS

Wednesday, 9 November 2016 from to (Europe/Athens)
at ΕΔΕΤ Α.Ε. ( Meeting Room 1 )
Λεωφόρος Κηφισίας 7 ΤΚ 115 23 Αθήνα
Description

Το Εθνικό Δίκτυο Έρευνας και Τεχνολογίας (ΕΔΕΤ Α.Ε.), διοργανώνει στις 9 Νοεμβρίου 2016 εκπαιδευτικό σεμινάριο με θέμα «Molecular Dynamics using NAMD». Η εκπαίδευση θα πραγματοποιηθεί στην αίθουσα "Meeting Room 1" στα γραφεία της ΕΔΕΤ Α.Ε.

Η συμμετοχή στην ημερίδα είναι δωρεάν. Λόγω περιορισμένου αριθμό θέσεων και για διευκόλυνση της διοργάνωσης, όσοι ενδιαφέρονται να την παρακολουθήσουν, θα πρέπει να εγγραφούν χρησιμοποιώντας τη φόρμα στον σύνδεσμο: http://goo.gl/forms/YkpzYu2hqh

Χώρος Εκδήλωσης

Το Εθνικό Δίκτυο Έρευνας και Τεχνολογίας (ΕΔΕΤ Α.Ε.) βρίσκεται στο 2ο όροφο, Λεωφόρος Κηφισίας 7, Αθήνα. Περισσότερες πληροφορίες για την πρόσβασή στην ΕΔΕΤ υπάρχουν στον παρακάτω σύνδεσμο. https://grnet.gr/contact-us/

Σχετικά με την υποδομή ARIS

Η υποδομή ARIS αποτελείται από συνολικά τέσσερις νησίδες υπολογιστικών συστημάτων βασισμένους σε αρχιτεκτονική Intel x86 διασυνδεμένους σε ένα ενιαίο δίκτυο Infiniband FDR14 που προσφέρουν πολλαπλές δυνατότητες και αρχιτεκτονικές επεξεργασίας.

  • Μία νησίδα (thin nodes) βασίζεται στην πλατφόρμα IBM NeXtScale και τους επεξεργαστές Intel Xeon E5-2680v2. Διαθέτει 426 υπολογιστικούς κόμβους και προσφέρει συνολικά 8.520 πυρήνες (CPU cores).
  • Μια νησίδα κόμβων μεγάλης μνήμης (fat nodes) που αποτελείται από 44 εξυπηρετητές Dell PowerEdge R820. Κάθε εξυπηρετητής προσφέρει 4 επεξεργαστές Intel Xeon E5-4650v2 και 512 GB κεντρικής μνήμης
  • Μια νησίδα κόμβων επιταχυντών GPU που αποτελείται από 44 εξυπηρετητές Dell PowerEdge R730. Κάθε εξυπηρετητής περιέχει 2 επεξεργαστές Intel Xeon E5-2660v3, 64 GB μνήμης και 2 κάρτες GPU NVidia K40, και
  • Μια νησίδα κόμβων επιταχυντών Xeon Phi που αποτελείται από 18 εξυπηρετητές Dell PowerEdge R730, καθένας εκ των οποίων περιέχει 2 επεξεργαστές Intel Xeon E5-2660v3, 64 GB μνήμης και 2 συνεπεξεργαστές Intel Xeon Phi 7120P.

Επιπλέον, το σύστημα προσφέρει 2 PB αποθηκευτικό χώρο, μέσω του συστήματος αρχείων General Parallel File System (GPFS) της IBM. Η υποδομή ολοκληρώνεται με μια βιβλιοθήκη ταινιών ΙΒΜ TS3500 μέγιστης αποθηκευτικής δυνατότητας περίπου 6 PB.

Σχετικά με την ΕΔΕΤ

Η ΕΔΕΤ Α.Ε. αναπτύσσει και διαχειρίζεται το Εθνικό Δίκτυο Έρευνας & Τεχνολογίας κατά το πρότυπο των αντίστοιχων Ερευνητικών και Εκπαιδευτικών Δικτύων της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Παρέχει στην ελληνική ερευνητική και εκπαιδευτική κοινότητα σύγχρονες ηλεκτρονικές υποδομές και υπηρεσίες, με στόχο τη μείωση του ψηφιακού χάσματος και την ισότιμη συμμετοχή των μελών της στην παγκόσμια Κοινωνία της Γνώσης.

Με περισσότερα από 9.000 χλμ οπτικών ινών και σύγχρονο οπτικό εξοπλισμό, διασυνδέει περισσότερους από 100 φορείς, στους οποίους περιλαμβάνονται όλα τα Πανεπιστήμια και ΤΕΙ της χώρας, Ερευνητικά Κέντρα, καθώς και το Πανελλήνιο Σχολικό Δίκτυο, και εξυπηρετεί, σε καθημερινή βάση, περί τους 500.000 χρήστες. Παράλληλα με την παροχή προηγμένων δικτυακών υποδομών και υπηρεσιών η ΕΔΕΤ Α.Ε. παρέχει υπολογιστικές υπηρεσίες Cloud Computing για όλα τα μέλη της ερευνητικής και εκπαιδευτικής κοινότητας. Από τον Ιούνιο του 2015 λειτουργεί το πρώτο εθνικό υπολογιστικό σύστημα υψηλών επιδόσεων (HPC) για την υποστήριξη επιστημονικών εφαρμογών μεγάλης κλίμακας, υποδομή που ενσωματώνεται στο Ευρωπαϊκό οικοσύστημα υπερ-υπολογιστών PRACE.

Για περισσότερες πληροφορίες μπορείτε να επισκεφθείτε τις ιστοσελίδες www.grnet.gr/hpc και http://hpc.grnet.gr

Εκπαιδευτές

Δρ. Δημήτρης Ντελλής (ΕΔΕΤ): Ο Δημήτρης Ντελλής είναι κάτοχος Πανεπιστημιακού τίτλου στη Χημεία (1990) και Διδακτορικού Διπλώματος στην Υπολογιστική Χημεία (1995) από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Διαθέτει σημαντική εμπειρία στην ανάπτυξη υπερυπολογιστικών υποδομών (HPC) και υποδομών υπολογιστικού πλέγματος (Grid). Έχει κάνει χρήση συστημάτων HPC για ερευνητικά έργα στην υπολογιστική χημεία σε υποδομές όπως του FZ-Juelich (J90, T3E, Regata, 2003-2005). Έλαβε υποτροφία από το HPC-Europa για BSC (2009). Στα ευρωπαϊκά έργα EGEE / EGI ενήργησε ως υποστηρικτής των εφαρμογών και διαχειριστής λογισμικού εικονικών οργανισμών, ως διαχειριστής grid sites (HG-02, GR-06), και συνεισέφερε στην εθνική πρωτοβουλία NGI_GRNET από το 2008 έως το 2014. Στα έργα PRACE 1IP / 2ΙΡ / 3IP είχε εμπλακεί σε εργασίες αξιολόγησης, είτε ως μέλος ομάδας ή ως BCO (2010-2014). Σήμερα εργάζεται στην ΕΔΕΤ στη θέση του μηχανικού Υποστήριξης εφαρμογών HPC, και είναι υπεύθυνος για user consultations, porting, optimization και την υλοποίηση εφαρμογών HPC με εθνικούς και διεθνείς πόρους.

Νικολουτσάκος Νικόλαος (ΕΔΕΤ): Ο Νικολουτσάκος Νικόλαος είναι απόφοιτος του Τμήματος Μηχανικών Ηλεκτρονικών Υπολογιστών & Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Πατρών (2014) και μεταπτυχιακός φοιτητής στο ΠΜΣ Επιστήμη και Τεχνολογία Υπολογιστών του ΤμΗΥΠ. Επιστημονικά ενδιαφέροντα και δημοσιεύσεις στο τομέα της παράλληλης επεξεργασίας, προγραμματιστικά μοντέλα MPI, OpenMP, CUDA, OpenCL, Intel LEO. Εργάζεται στην ΕΔΕΤ Α.Ε. στην ομάδα υποστήριξης χρηστών και εφαρμογών του εθνικού υπερυπολογιστικού συστήματος ARIS.

Go to day
  • Wednesday, 9 November 2016
    • 10:00 - 10:10 Έναρξη
    • 10:10 - 11:00 Χρήση του NAMD σε HPC γενικά (slurm script, hybrid/pure mpi/gpu klp)
    • 11:00 - 11:30 Setting up the system
    • 11:30 - 12:00 Coffe Break
    • 12:00 - 12:30 Structure Minimization
    • 12:30 - 13:00 Ηeating, equilibration
    • 13:00 - 14:00 Lunch Break
    • 14:00 - 14:30 Production runs
    • 14:30 - 15:00 Analysis of data
    • 15:00 - 16:00 Problems, best practices, efficient use of resources